Cuando, en 1.794, se cierra la ruinosa parroquia de San Ildefonso con el traslado del Santísimo a la vecina parroquia de San Nicolás de Bari, ya hacía tiempo que la antigua Hermandad de los mulatos había dejado de existir, habiéndose adueñado la fábrica parroquial de todos sus bienes por la cuantiosa deuda de la extinta Cofradía. El precipitado desalojo del templo provocó la distribución de altares e imágenes por diversos domicilios de la collación. El crucificado de los mulatos - Imagen que hoy conocemos como Cristo del Calvario - fue vendido en 1.799, "por no tener donde colocarlo", a la Santa Escuela de Cristo de la Natividad, cuyo templo se encontraba en la calle de los Encisos, para presidir su nuevo altar. Muy pronto comenzó la reconstrucción del nuevo templo parroquial de San Ildefonso y cuando se inauguró, en 1.816, se echó en falta la venerada Imagen del Crucificado, por lo que el párroco, D. Matías Espinosa, promovió su recuperación, lo que consiguió, después de un enconado pleito, en 1.818.

Posteriormente el párroco, para satisfacer la demanda de los feligreses que querían tener completo su altar del Calvario, colocó la dolorosa de la Presentación y San Juan junto al crucificado, que comenzarían a recibir frecuentes cultos. El movimiento devocional que se produjo en torno de estas Imágenes cristalizó finalmente, en 1.886, con la reorganización de la antigua Hermandad, realizada sobre unas bases sociales y económicas distintas que nada tenían que ver con la antigua cofradía étnica de los mulatos, ahora formada por individuos pertenecientes a grupos sociales intermedios con tendencia al ascenso social.

Inicialmente la Cofradía saldría a la calle, el miércoles Santo, con un solo paso con la representación iconográfica del Calvario para, a partir de 1.895, desdoblarlo en dos en los que terminarían apareciendo, de forma aislada, el Cristo del Calvario y, bajo palio, la Virgen de la Presentación. La Cofradía se consolidaría finalmente en la madrugada, a partir de 1.899, después de un pleito de precedencia que mantuvo con la Hermandad de la Esperanza de Triana.

Paulatinamente la Hermandad iba adquiriendo el severo estilo que hoy la caracteriza a lo que también contribuyó el encargo del singular paso de Cristo de Farfán, en caoba en su color, primero de los de estas características estrenado en Sevilla.

En 1.908 la Hermandad se traslada a la Capilla de San Gregorio donde se forjaría el gran proyecto de reforma del paso de la Virgen de la Presentación, obra de Juan Manuel Rodríuez Ojeda, estrenado ya en la Semana Santa de 1.916, en la que, tras la salida de San Gregorio, la Cofradía se dirigió hasta su sede actual en la Parroquia de la Magdalena, a donde llegó con los rasgos esnciales de su actual carácter ya configurados.